Det første katolske Skt. Nikolaj kapel i Esbjerg blev indviet d. 1. september 1904 af biskop von Euch i Nørregade 61, hvor man indrettede et kapel i stuelejligheden. Skt. Josefs søstrene var ankommet tidligere på året og allerede året før blev grundstenen lagt til Skt. Josefs Hospital, som stod færdigt i 1904.
I 1905 blev Skt. Nikolaj Skole oprettet af søstrene og den daværende sognepræst, pastor Ernst Buch.
D. 14. september 1924 blev den første kirke indviet på første sal af den nuværende skolebygning, på hjørnet af Kirkegade og Nørregade. Lokalet rummer i dag skolens EDB lokale.